Thèse Caractérisation du Rôle des Prophages dans la Pathogénie Épithéliale des Aiec H/F - 59

Établissement : Université de Lille
École doctorale : Biologie Santé de Lille
Laboratoire de recherche : Institut de Recherche Translationnelle sur l'Inflammation
Direction de la thèse : Marie TITECAT ORCID 0000000258600936
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-28T23:59:59

Un déséquilibre du microbiote digestif est observé chez les patients atteints de la maladie de Crohn (MC). Cette dysbiose est caractérisée par une diminution de la richesse et de la diversité des espèces bactériennes au profit d'espèces commensales à potentiel pathogène ou pathobiontes. Les Escherichia coli adhérents et invasifs (AIEC) sont des pathobiontes capables d'envahir les cellules épithéliales intestinales et de survivre voire de se répliquer dans les macrophages. Ce phénotype n'est supporté par aucun facteur de virulence ni marqueur génétique spécifique. Au-delà du pan bactérien, la composition du virome des patients atteints de MC est également impactée avec une altération de l'équilibre des populations de bactériophages (ou phages) tempérés et virulents. Les phages tempérés intègrent leur information génétique dans le chromosome de la bactérie-cible sous forme de prophages qui peuvent conférer à la bactérie des propriétés supplémentaires d'adaptation voire de virulence grâce à l'expression de gènes appelés « morons ». Des séquences de prophages ont été identifiées au sein des génomes de souches de E. coli isolées de patients atteints de MC. Leur prévalence dans les génomes de souches AIEC de même que leur rôle dans l'invasion épithéliale par ces souches restent à élucider. L'objectif de ce projet est d'identifier les séquences de prophages au sein des génomes d'une collection de souches d'E. coli isolées de patients atteints de MC et de sujets sains déjà caractérisées au plan phénotypique. La dynamique des prophages et l'expression des morons au cours de l'invasion cellulaire épithéliale sera étudiée in vitro dans un modèle d'épithélium digestif humain sain et de patient MC, et, in vivo dans un modèle murin d'inflammation digestive chez des animaux à flore contrôlée.

L'architecture du virome est altérée chez les patients MICI. L'analyse fonctionnelle des prophages au sein d'espèces pathobiontes comme les AIEC permettrait de comprendre leur rôle dans la physiopathologie de l'inflammation digestive et mieux appréhender le recours à des thérapeutiques anti-bactérienes ciblées comme la phagothérapie.

(i) Caractérisation génotypique d'une collection de souches de E. coli et recherche de séquences de prophages spécifiques au sein des souches AIEC
(ii) Analyse de la dynamique des prophages identifiés au sein des souches AIEC in vitro dans des modèles cellulaires épithéliaux
(iii) Analyse de la dynamique des prophages identifiés au sein des souches AIEC in vivo dans un modèle de souris à flore contrôlée
(iv) Impact des prophages sur l'efficacité d'une phagothérapie ciblant les AIEC

Mise en oeuvre de techniques de séquençage, RT-qPCR, RNASeq, culture cellulaires et bactériennes.
Modèles animaux de souris à flore contrôlée en collaboration avec l'animalerie gnotibiotique de l'Institut Pasteur (Paris)