Thèse Intégration de Données Omiques pour l'Archéologie et la Paléontologie H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Lille École doctorale : MADIS Mathématiques, sciences du numérique et de leurs interactions Laboratoire de recherche : CRIStAL - Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille Direction de la thèse : Hélène TOUZET ORCID 0000000153059987 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-07-15T23:59:59 L'analyse d'échantillons biologiques anciens, tels que des os, des dents, des plumes, des toisons, est une étape importante pour l'identification des espèces à l'échelle archéologique ou paléontologique. Ces analyses utilisent des nouvelles techniques moléculaires, au premier rang desquelles la paléogénomique (séquençage d'ADN ancien) et la paléoprotéomique (identification de protéines anciennes). Ces approches sont complémentaires. L'ADN offre un signal phylogénétique fin, mais se dégrade relativement rapidement. Le protéome a une meilleure stabilité dans le temps, mais le signal délivré est moins riche. Au sein des approches de protéomique, on distingue la ZooMS (ZooArchaeology by Mass Spectrometry) qui utilise le principe de l'empreinte de masse peptidique. La ZooMS est mise en oeuvre avec succès sur les échantillons osseux, en ciblant les protéines collagéniques. Plusieurs logiciels bioinformatiques ont récemment été proposés pour automatiser et standardiser l'analyse des données de ZooMS dans ce contexte d'application. Mais cette technologie ne peut pas s'appliquer à tous les types d'échantillons. Les limites concernent la nature du matériel biologique, et donc des protéines ciblées, ainsi que la résolution taxonomique souhaitée.
Peu de méthodes existent quand il s'agit d'analyser des échantillons non-collagéniques, ou issues d'espèces mal caractérisées. Dans ce cas, il est nécessaire de recourir à des analyses biologiques diversifiées, incluant des données de paléogénomique ou de protéomique autres que la ZooMS.
L'objectif de la thèse est de développer des algorithmes bioinformatiques permettant d'intégrer au mieux ces différentes sources d'information pour permettre une assignation taxonomique précise, fiable et reproductible. A côté d'échantillons osseux, le travail portera sur des échantillons de type toison et des échantillons dentaires (émail). Les méthodes mises en oeuvre reposeront sur des approches d'algorithmique des séquences et d'apprentissage. Le sujet de thèse s'inscrit dans le contexte de la bioinformatique pour l'analyse de données moléculaire anciennes. Ce sujet est émergent à l'échelle internationale. Il est développé par l'équipe d'accueil (l'équipe bonsai de CRIStAL) depuis 2022.

Bac +5 en informatique. Compétences en bioinformatique bienvenues

• Extraction d'ADN