Thèse Analyse Fonctionnelle des Lymphocytes t Régulateurs dans les Maladies Métaboliques Hépatiques par des Approches sur Cellules Uniques H/F - 59

Établissement : Université de Lille
École doctorale : Biologie Santé de Lille
Laboratoire de recherche : Récepteurs Nucléaires, Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires
Direction de la thèse : David DOMBROWICZ ORCID 0000000204858923
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-28T23:59:59

La stéatose hépatique associée à un dysfonctionnement métabolique (MASLD) est une maladie hépatique chronique très répandue, dont la gravité et la progression varient considérablement d'un individu à l'autre. Si les facteurs métaboliques tels que la suralimentation sont des facteurs déterminants dans le développement de la maladie, les mécanismes immunitaires sont de plus en plus reconnus comme des contributeurs clés à l'inflammation et à la fibrose hépatiques. Cependant, la contribution de la variabilité interindividuelle du système immunitaire à l'évolution de la pathologie demeure inconnue
Les cellules T régulatrices (Treg) jouent un rôle central dans le contrôle de l'activation immunitaire et de l'inflammation, mais leur rôle fonctionnel dans la MASLD reste mal défini chez l'homme. En particulier, les différences dans la capacité suppressive des Treg entre les personnes atteintes de MASLD et les donneurs sains, et leur impact sur la gravité de la maladie, reste largement inexplorée.
L'objectif de ce projet de thèse est d'étudier l'hétérogénéité interindividuelle de la fonction des Treg humaines dans la MASLD à l'aide d'une approche fonctionnelle ciblée sur les cellules individuelles. Le projet se concentrera sur l'évaluation de la capacité suppressive et des propriétés phénotypiques des Treg provenant d'échantillons de sang périphérique de patients atteints de MASLD et de donneurs sains.
Tout d'abord, le doctorant mettra au point et appliquera un test de suppression des Treg sur cellules unique basé sur des co-cultures autologues de PBMC. Les Treg seront isolées par cytométrie en flux, réintroduites dans les PBMC à des ratios définis, et les réponses immunitaires seront évaluées après stimulation. Les tests fonctionnels comprendront la prolifération et l'activation de plusieurs populations de cellules immunitaires mesurées à une résolution unicellulaire à l'aide de la cytométrie en flux spectral. Cette approche permet de quantifier l'impact fonctionnel des Treg dans un contexte immunitaire physiologiquement pertinent.
Ensuite, le doctorant analysera les données cytométriques multidimensionnelles obtenues afin de quantifier l'activité suppressive des Treg chez différents donneurs et dans différentes conditions. L'analyse des données sera effectuée à l'aide de programmes établis basés sur R afin d'identifier les différences de réponses immunitaires entre les patients atteints de MASLD et les témoins sains. L'accent sera mis sur le contrôle de la qualité des données, la visualisation et les comparaisons guidées par la biologie plutôt que sur le développement de nouvelles méthodes computationnelles.
Dans l'ensemble, ce projet est conçu comme un projet de doctorat ciblé et réalisable sur trois ans, combinant l'immunologie humaine expérimentale et l'analyse ciblée de données unicellulaires. Il permettra à l'étudiant d'acquérir une solide formation en matière de tests immunitaires fonctionnels, de cytométrie en flux spectral et d'analyse pratique des données, tout en abordant une question importante et clairement définie dans le domaine des maladies métaboliques hépatiques humaines.

MASLD consists of a spectrum of liver pathologies ranging from simple steatosis to steatohepatitis with fibrosis and, in some cases, progression to cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Disease course is highly heterogeneous, with substantial differences in progression between individuals. Although metabolic overload is a prerequisite for disease development, immune-mediated inflammation is a major determinant of liver injury and fibrotic progression.
Regulatory T cells are essential for maintaining immune balance and limiting excessive inflammation. Altered Treg number or function has been implicated in several chronic inflammatory diseases, but their role in MASLD remains insufficiently characterised, particularly in humans. Importantly, most existing studies rely on bulk measurements or simplified in vitro assays that do not capture functional heterogeneity at the single-cell level.
Recent advances in single-cell cytometry have made it possible to assess immune function with high resolution across multiple immune cell types simultaneously (Søndergaard et al., Nat Commun, 2025). Applying these approaches to functional Treg assays provides a unique opportunity to study how immune regulation varies between individuals and how this variation may contribute to MASLD progression.

1.To assess interindividual variability in the suppressive function of human regulatory T cells.
2.To compare Treg-mediated immune suppression between MASLD patients and healthy donors.
3.To characterise immune cell responses in Treg suppression assays using single-cell cytometry.
4.To analyse functional immune data using established R-based workflows and link immune phenotypes to suppressive capacity.

The project will rely on a well-defined experimental and computational workflow centred on a single-cell Treg suppression assay (Søndergaard et al., Nat Commun, 2025; Søndergaard et al., Bio-Protocol, 2025).
Tregs will be isolated from peripheral blood using flow cytometric sorting and reintroduced into autologous PBMC cultures at defined ratios. PBMCs will be stimulated under standardised conditions, and immune responses will be measured after several days of culture. Functional readouts will include proliferation and activation markers across T cells and other immune populations.
Single-cell data will be acquired using spectral flow cytometry with a predefined antibody panel. Data analysis will be performed in R using established packages for cytometry data analysis. The student will be trained to perform quality control, visualisation, and quantitative comparisons between donors and experimental conditions.
The experimental and computational steps are tightly linked, allowing functional immune readouts to be directly interpreted in a biologically meaningful manner.