Thèse Influence des Stratégies d'Histoire de Vie et de l'Écologie sur la Différenciation des Populations la Spéciation et les Dynamiques Macroévolutives Ches les Mollusques du Lac Tanganyika H/F - 59

Établissement : Université de Lille
École doctorale : Sciences de la Matière du Rayonnement et de l'Environnement
Laboratoire de recherche : Evolution, Ecologie, Paléontologie
Direction de la thèse : Bert VAN BOCXLAER ORCID 000000032033326X
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-05T23:59:59

Un objectif central de la biologie évolutive moderne est de comprendre comment de nouvelles espèces émergent et comment elles s'adaptent aux changements environnementaux. À l'échelle microévolutive, les recherches se sont essentiellement concentrées sur les mécanismes de l'évoluton des trait et de l'isolement reproducteur chez des taxons encore existants. À l'échelle macroévolutive, les paléontologues ont documenté des fluctuations de la biodiversité au fil du temps, tandis que des approches phylogénétiques ont été développées pour inférer les taux de spéciation, d'extinction et d'évolution des traits. Cependant, des questions essentielles demeurent concernant dans quelle mesure et de quelle manière les mécanismes à l'origine de la variation intraspécifique et de la différenciation des populations contribuent à la macroévolution. Dans le projet divEARS, nous aborderons ces questions par des études intégratives de trois familles de mollusques du Système du Rift Est-Africain (EARS) à des échelles micro et macroévolutives. Nous rassemblerons et analyserons des données sur l'écologie, les traits d'histoire de vie, les stratégies reproductives, les phénotypes et les gènes orthologues à copie unique. Cela nous permettra de documenter la variation intraspécifique, la dynamique de différenciation des populations jusqu'à la spéciation, ainsi que les taux de diversification et d'évolution phénotypique, en tirant parti des récentes avancées en phylogénétique.

Dans cette thèse, nous étudierons comment les différences dans les stratégies d'histoire de vie et l'écologie influencent la variation intraspécifique, la différenciation des populations et, en fin de compte, les dynamiques de spéciation dans six clades de mollusques endémiques du lac Tanganyika. Nous effectuerons des analyses phylogénétiques pour identifier 15 à 20 paires d'espèces à examiner dans le cadre d'analyses comparatives de génomique des populations. Cette approche permettra d'évaluer la diversité génétique et phénotypique au sein des populations, entre populations et entre espèces soeurs, dans différents contextes écologiques. Cela contribuera à mieux comprendre comment les facteurs intrinsèques de la différenciation des populations influencent les dynamiques de spéciation. Si le temps le permet, nous appliquerons des approches phylogénétiques aux familles de mollusques dont relèvent ces six clades, à une échelle continentale. Cela nous permettra d'examiner comment les différences extrinsèques (comme l'hétérogénéité des habitats et la stabilité environnementale) et intrinsèques (telles que les stratégies d'histoire de vie et l'écologie) influencent la variation des patterns macroévolutifs ainsi que les taux de diversification et de changement morphologique dans l'EARS.
Sur le plan méthodologique, nous utiliserons un pipeline de séquençage de nouvelle génération récemment développé (Ortiz-Sepulveda et al. 2023) pour obtenir des données sur environ 1500 gènes afin de développer des jeux de données de phylogénomique et de génomique des populations. La diversité morphologique sera documentée par des mesures de traits et de la morphométrie, tandis que les données écologiques seront dérivées de métadonnées collectées lors des localités d'échantillonnage.

Ce projet de thèse sera développé au sein de l'UMR 8198 Evo-Eco-Paléo du CNRS et de l'Université de Lille dans le cadre d'un réseau collaboratif international, notamment avec le Département de Biologie de la KU Leuven.